Meteorを開発しているMDGは最近Apolloに力を入れています。
ApolloはGraphQLのライブラリでMeteorの機能の次世代版とも言えます。
MeteorとApolloの完全な連携はまだですがすでに使えます。
Meteor blogでもその方法が紹介されています。

Use GraphQL to load from any database in your Meteor app

要点のみ列挙すると:

• Meteorは成熟していて、使えるプラットフォームである
• 一方、最大の欠点であるMongoDB依存はApolloによって解消できる
• MeteorとApolloを合わせて使う最大のメリットはアカウント機能である
• Meteorのapollo packageを使うとGraphiQLまで認証してくれる
• また、resolverにもMeteorのuserIdが渡る
• apollo packageを使わなくても連携はできる
• Meteorのpub/subとGraphQLは共存できる
• Meteor methodの代わりにGraphQL mutationが使える(逆はできない
• ApolloでMongoDB以外も使えるが、アカウント連携ができないのでうまみは少ない
• GraphQL subscriptionはまだ発展途上のようである

より正確・詳細な情報は原文を参照してください。